SINCE 1960
1960年農業(yè)機械工業(yè)部決定組建畜牧機械、水稻機械、山地機械等六個(gè)科研院所。當年9月3日農機部“農機干徐字第77號”文件要求在內蒙古自治區建立畜牧機械科研機構，建議將正在籌建中的內蒙古農牧業(yè)機械研究所改建為畜牧機械研究所，由農機部和內蒙古自治區雙重領(lǐng)導，以地方為主。經(jīng)請示內蒙古自治區人民委員會(huì )副主席高增培，自治區農牧業(yè)機械廳和經(jīng)委于9月10日電復農機部表示同意，內蒙古畜牧機械研究所（以下簡(jiǎn)稱(chēng)牧機所）正式成立。成立之初，牧機所先后隸屬內蒙古農牧業(yè)機械廳和重工業(yè)廳，所址在呼和浩特市新城東街6號。
1962年9月，第八機械工業(yè)部以(62)技研字第54號、內蒙古自治區計委以(62)計基阿字第941號文件批復，同意牧機所建設投資200萬(wàn)元，編制200人。
1964年11月牧機所第一期建設任務(wù)竣工，完成固定資產(chǎn)200萬(wàn)元，實(shí)有職工126人，其中工程技術(shù)人員96人，并由原址遷入現址。搬遷時(shí)冶金研究室由牧機所分出，成立內蒙古自治區冶金研究所。
1965年11月，內蒙古自治區人民委員會(huì )決定將內蒙古農業(yè)機械化研究所（同時(shí)掛內蒙古農牧業(yè)機械試驗鑒定站牌子）并入內蒙古畜牧機械研究所，更名為內蒙古農牧業(yè)機械化研究所，隸屬關(guān)系由自治區重工業(yè)廳調整為自治區農牧業(yè)機械管理局。當時(shí)全所職工l78人，其中工程技術(shù)人員115人?！ ?/p>
1968年3月成立牧機所革命委員會(huì )，隸屬于自治區革命委員會(huì )生產(chǎn)建設指揮部領(lǐng)導。
1971年，內蒙古自治區重新組建廳局，牧機所劃歸自治區機械工業(yè)廳領(lǐng)導，全所職工l55人，其中工程技術(shù)人員72人。
1974年第一機械工業(yè)部農機局在天津市召開(kāi)“農機科研座談會(huì )”，重新確定牧機所為全國畜牧機械科研的“牽頭抓總”單位。
1978年6月2日，內蒙古自治區編制委員會(huì )批復（[78]內編發(fā)11號），所名恢復為內蒙古畜牧機械研究所，實(shí)有職工286人，其中工程技術(shù)人員l21人，由第一機械工業(yè)部和內蒙古自治區機械工業(yè)局雙重領(lǐng)導。
1979年3月國務(wù)院批準國家科委、農業(yè)機械部《關(guān)于調整內蒙古自治區畜牧機械研究所的管理體制的報告》（[79]國科發(fā)技字第l92號、農機生聯(lián)字第33號），將牧機所隸屬關(guān)系調整為農業(yè)機械部與內蒙古自治區雙重領(lǐng)導，以農業(yè)機械部為 主。當年全所職工273人，其中工程技術(shù)人員l04人。同時(shí)，為保證自治區農機科研工作，從牧機所分出部分人員恢復了內蒙古農牧業(yè)機械化研究所。1980年6月，經(jīng)自治區政府同意，在牧機所民用機械研究室的基礎上擴建為內蒙古機電研究所，從牧機所分出。
1981年9月，農業(yè)機械部批復了《畜牧機械研究所l981-1985年發(fā)展規劃》，隨后機械工業(yè)部對《畜牧機械研究所六五擴建初步設計任務(wù)書(shū)》進(jìn)行了批復（[82]機農字第908號），牧機所開(kāi)始進(jìn)行第二期基本建設，總投資700萬(wàn)元。
機械工業(yè)部于l982年11月27日以(82)機辦字第l053號文通知牧機所定名為“機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所”，隸屬于機械工業(yè)部。年底實(shí)有職工312人，其中科技人員l29人。
1984年7月，國家科委(84)國科發(fā)管字489號文件批復，同意將內蒙古呼倫貝爾盟畜牧機械試驗站(原名呼盟農牧機械研究所)劃歸牧機所領(lǐng)導，更名為機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所海拉爾試驗站。年底全所職工468人(海拉爾試驗站79人)，其中工程技術(shù)人員260人(海拉爾試驗站52人)。同年9月，中共機械工業(yè)部黨組(84)機黨函字214號文件批準牧機所為地專(zhuān)級單位。
1998年12月7日，根據國家機械工業(yè)局《關(guān)于同意中國農業(yè)機械化科學(xué)研究院與呼和浩特畜牧機械研究所合并的通知》（國機改[1998]568號），牧機所并入中國農業(yè)機械化科學(xué)研究院?！?/p>
2000年1 月7日，國家經(jīng)濟貿易委員會(huì )和國家科學(xué)技術(shù)部《關(guān)于印發(fā)調整國家經(jīng)貿委管理的10個(gè)國家局所屬部分科研機構轉制方案的通知》（國經(jīng)貿技術(shù)[2000]16號）明確牧機所進(jìn)入中國農業(yè)機械化科學(xué)研究院，一同轉制為中央直屬科技型企業(yè)。同年7月，牧機所正式在內蒙古自治區工商行政管理局登記注冊，定名為中國農業(yè)機械化科學(xué)研究院呼和浩特分院。
2001年12月10日，內蒙古自治區科技廳以?xún)瓤瓢l(fā)計字[2001]38號文件批復，同意依托我院組建“內蒙古自治區畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2004年1月6日，內蒙古自治區科技廳以?xún)瓤瓢l(fā)計字[2004]2號文件批復，同意依托我院組建“內蒙古自治區新能源工程技術(shù)研究中心”。
2005年12月19日，國家科學(xué)技術(shù)部以國科發(fā)計字[2005]503號文件批復，同意依托我院組建“國家草原畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2009年，國家發(fā)展與改革委員會(huì )批準，依托我院組建“國家地方聯(lián)合太陽(yáng)能干燥技術(shù)工程實(shí)驗室”。
2017年，我院完成公司制改革，正式更名為“中國農業(yè)機械化科學(xué)研究院呼和浩特分院有限公司”。